Miljøet i de danske søer har generelt ændret sig i de seneste årtier. Det skyldes først og fremmest tilførsel af næringsstoffer, der har forårsaget en voldsom opvækst af planteplankton til skade for det oprindelige plante- og dyreliv. Forureningsproblematikken i søer er på mange måder mere kompleks end i vandløb. Eksempelvis kan forureningstilstanden i søer ikke som i vandløb bedømmes på grundlag af smådyrsfaunaen alene. I de fleste tilfælde kræver en fyldestgørende tilstandsbeskrivelse kendskab til mange af søens biologiske komponenter i sammenhæng med det fysisk/kemiske miljø.

Af særlig værdi ved vurderingen af miljøtilstanden er søfloraens artssammensætning og udbredelse, plante- og dyreplanktonets artssammensætning og sæsonvariation, smådyrsfaunaens artssammensætning og udbredelse samt fiskefaunaens artssammensætning. Ved klarlægning af årsagerne til tilstandsændringer kræves et indgående kendskab til især vand- og næringsstoftransporter samt søens dybdeforhold.

BioApp tilbyder faglig assistance på en lang række områder i arbejdet med bevarelse, forbedring og overvågning af søer. Desuden giver BioApp gerne rådgivning og bistand i en lang række mere specielle problemstillinger, bl.a. med vurdering af miljøforbedrende foranstaltninger og restaureringsindgreb. Er det påkrævet kan BioApp ligeledes tilbyde dykkerundersøgelser i søer samt gennemfører specielle undersøgelser/prøvetagninger, hvor dykning er at foretrække.