Fiskeundersøgelse i ferskvandssøer begyndte for alvor at vinde indpas i Danmark i begyndelsen af 80’erne og senere kom også brakvandssøer og marine områder. BioApp har siden sin start haft fiskeundersøgelser i søer som et af sine kerneområder. Dette skyldes at indehaverne gennem sine tidligere ansættelser har udført et utal af undersøgelser og bidraget med fagligt input til tilblivelse af database Fiskebase, der pt. er den fiske database der anvendes på Danmarks Miljø Portal (DMP).
Fiskeundersøgelser i søer har undergået en del udvikling siden 80’erne. Den mest markante ændring skete i 2004 med overgangen fra NOVA til NOVANA programmet, hvor ”lagkagemodellen” blev udskiftet med en volumen- og habitatbaseret model. Den nye model er blevet implementeret for at kunne sammenligne søer i Skandinavien på tværs af landegrænser. BioApp har indhentet erfaringer fra både lavvandet, dybe, rene, og uklare søer placeret over hele landet. Alle indsamlede data fra fiskeundersøgelserne er registreret i den nationale database fiskebase på Danmarks Miljøportal. BioApp rådet over flere mindre RIB’s, hvorfra fiskeriet udføres.